MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Clostridium thermocellum ATCC 27405 chromosome

Total Repeats: 65849

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_009012	A	6	6	107	112	100 %	0 %	0 %	0 %	125972526
2	NC_009012	CAG	2	6	113	118	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	125972526
3	NC_009012	GCG	2	6	168	173	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	125972526
4	NC_009012	GTA	2	6	198	203	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	125972526
5	NC_009012	TGA	2	6	256	261	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	125972526
6	NC_009012	GCA	2	6	415	420	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	125972526
7	NC_009012	A	6	6	538	543	100 %	0 %	0 %	0 %	125972526
8	NC_009012	ACAAGC	2	12	621	632	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	125972526
9	NC_009012	ATC	2	6	836	841	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	125972526
10	NC_009012	AAG	2	6	909	914	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	125972526
11	NC_009012	AATG	2	8	932	939	50 %	25 %	25 %	0 %	125972526
12	NC_009012	GAA	2	6	977	982	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	125972526
13	NC_009012	A	6	6	999	1004	100 %	0 %	0 %	0 %	125972526
14	NC_009012	A	6	6	1015	1020	100 %	0 %	0 %	0 %	125972526
15	NC_009012	AAG	2	6	1032	1037	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	125972526
16	NC_009012	GGC	2	6	1106	1111	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	125972526
17	NC_009012	GCG	2	6	1125	1130	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	125972526
18	NC_009012	AGG	2	6	1135	1140	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	125972526
19	NC_009012	GGA	2	6	1237	1242	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	125972526
20	NC_009012	GCC	2	6	1280	1285	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	125972526
21	NC_009012	CGG	2	6	1338	1343	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	125972526
22	NC_009012	GAAAAG	2	12	1352	1363	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	125972526
23	NC_009012	A	6	6	1399	1404	100 %	0 %	0 %	0 %	125972526
24	NC_009012	TGA	2	6	1438	1443	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	125972526
25	NC_009012	CGA	2	6	1474	1479	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	125972526
26	NC_009012	GGT	2	6	1636	1641	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	125972526
27	NC_009012	ATT	2	6	1887	1892	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	125972527
28	NC_009012	CA	3	6	1925	1930	50 %	0 %	0 %	50 %	125972527
29	NC_009012	TGGA	2	8	2014	2021	25 %	25 %	50 %	0 %	125972527
30	NC_009012	AT	3	6	2038	2043	50 %	50 %	0 %	0 %	125972527
31	NC_009012	GA	3	6	2091	2096	50 %	0 %	50 %	0 %	125972527
32	NC_009012	CTA	2	6	2130	2135	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	125972527
33	NC_009012	AAT	2	6	2153	2158	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	125972527
34	NC_009012	AAC	2	6	2163	2168	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	125972527
35	NC_009012	AGA	2	6	2182	2187	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	125972527
36	NC_009012	TTG	2	6	2208	2213	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	125972527
37	NC_009012	TTG	2	6	2253	2258	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	125972527
38	NC_009012	AGC	2	6	2281	2286	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	125972527
39	NC_009012	CTG	2	6	2391	2396	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	125972527
40	NC_009012	AGA	2	6	2416	2421	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	125972527
41	NC_009012	AAT	2	6	2432	2437	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	125972527
42	NC_009012	TTTA	2	8	2475	2482	25 %	75 %	0 %	0 %	125972527
43	NC_009012	T	6	6	2497	2502	0 %	100 %	0 %	0 %	125972527
44	NC_009012	ATTCG	2	10	2532	2541	20 %	40 %	20 %	20 %	125972527
45	NC_009012	GATG	2	8	2551	2558	25 %	25 %	50 %	0 %	125972527
46	NC_009012	AGA	2	6	2575	2580	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	125972527
47	NC_009012	GGA	2	6	2584	2589	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	125972527
48	NC_009012	TTG	2	6	2633	2638	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	125972528
49	NC_009012	TAT	2	6	2657	2662	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	125972528
50	NC_009012	AT	3	6	2678	2683	50 %	50 %	0 %	0 %	125972528
51	NC_009012	AGG	2	6	2693	2698	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	125972528
52	NC_009012	AC	3	6	2732	2737	50 %	0 %	0 %	50 %	125972528
53	NC_009012	TGT	2	6	2855	2860	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	125972528
54	NC_009012	GCA	2	6	2965	2970	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	125972528
55	NC_009012	A	6	6	2998	3003	100 %	0 %	0 %	0 %	125972528
56	NC_009012	TGG	2	6	3060	3065	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	125972528
57	NC_009012	ATT	2	6	3073	3078	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	125972528
58	NC_009012	A	6	6	3125	3130	100 %	0 %	0 %	0 %	125972528
59	NC_009012	TAG	2	6	3140	3145	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	125972528
60	NC_009012	ATT	2	6	3251	3256	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	125972528
61	NC_009012	TAG	2	6	3260	3265	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	125972528
62	NC_009012	AGA	2	6	3266	3271	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	125972528
63	NC_009012	TAT	2	6	3292	3297	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	125972528
64	NC_009012	TGGT	2	8	3301	3308	0 %	50 %	50 %	0 %	125972528
65	NC_009012	GAA	2	6	3313	3318	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	125972528
66	NC_009012	AT	3	6	3347	3352	50 %	50 %	0 %	0 %	125972528
67	NC_009012	GAA	2	6	3382	3387	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	125972528
68	NC_009012	ATT	2	6	3437	3442	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	125972528
69	NC_009012	A	6	6	3480	3485	100 %	0 %	0 %	0 %	125972528
70	NC_009012	AT	3	6	3510	3515	50 %	50 %	0 %	0 %	125972528
71	NC_009012	AAAT	2	8	3528	3535	75 %	25 %	0 %	0 %	125972528
72	NC_009012	AAATAA	2	12	3878	3889	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	125972529
73	NC_009012	GAA	2	6	3895	3900	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	125972529
74	NC_009012	AAG	2	6	3926	3931	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	125972529
75	NC_009012	A	6	6	3966	3971	100 %	0 %	0 %	0 %	125972529
76	NC_009012	ATTG	2	8	3985	3992	25 %	50 %	25 %	0 %	125972529
77	NC_009012	CAG	2	6	4043	4048	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	125972529
78	NC_009012	A	6	6	4050	4055	100 %	0 %	0 %	0 %	125972529
79	NC_009012	ATG	2	6	4111	4116	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	125972529
80	NC_009012	AGA	2	6	4122	4127	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	125972529
81	NC_009012	GCA	2	6	4141	4146	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	125972529
82	NC_009012	A	6	6	4149	4154	100 %	0 %	0 %	0 %	125972529
83	NC_009012	ATG	2	6	4184	4189	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	125972529
84	NC_009012	CCA	2	6	4210	4215	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	125972529
85	NC_009012	AAG	2	6	4344	4349	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	125972529
86	NC_009012	ATA	2	6	4412	4417	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	125972529
87	NC_009012	GAA	2	6	4467	4472	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	125972529
88	NC_009012	ATA	2	6	4492	4497	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	125972529
89	NC_009012	GGGA	2	8	4509	4516	25 %	0 %	75 %	0 %	125972529
90	NC_009012	GT	3	6	4568	4573	0 %	50 %	50 %	0 %	125972529
91	NC_009012	GGGA	2	8	4712	4719	25 %	0 %	75 %	0 %	125972529
92	NC_009012	GAAG	2	8	4808	4815	50 %	0 %	50 %	0 %	125972529
93	NC_009012	GGA	2	6	4870	4875	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	125972529
94	NC_009012	ATG	2	6	4955	4960	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	125972529
95	NC_009012	AGT	2	6	4971	4976	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	125972529
96	NC_009012	AAT	2	6	4996	5001	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	125972529
97	NC_009012	GAA	2	6	5023	5028	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	125972529
98	NC_009012	GT	3	6	5072	5077	0 %	50 %	50 %	0 %	125972529
99	NC_009012	ATG	2	6	5117	5122	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	125972529
100	NC_009012	ATG	2	6	5147	5152	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	125972529
101	NC_009012	ACG	2	6	5194	5199	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	125972529
102	NC_009012	ATG	2	6	5210	5215	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	125972529
103	NC_009012	CGGG	2	8	5315	5322	0 %	0 %	75 %	25 %	125972529
104	NC_009012	GAA	2	6	5429	5434	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	125972529
105	NC_009012	ACA	2	6	5437	5442	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	125972529
106	NC_009012	ACA	2	6	5459	5464	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	125972529
107	NC_009012	GAA	2	6	5485	5490	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	125972529
108	NC_009012	AAAC	2	8	5496	5503	75 %	0 %	0 %	25 %	125972529
109	NC_009012	CA	3	6	5580	5585	50 %	0 %	0 %	50 %	125972529
110	NC_009012	ATG	2	6	5609	5614	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	125972529
111	NC_009012	ACA	2	6	5656	5661	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	125972529
112	NC_009012	ATG	2	6	5822	5827	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	125972529
113	NC_009012	CAA	2	6	5835	5840	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	125972529
114	NC_009012	ACT	2	6	5861	5866	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	125972529
115	NC_009012	GAATA	2	10	5894	5903	60 %	20 %	20 %	0 %	125972529
116	NC_009012	ACCA	2	8	5914	5921	50 %	0 %	0 %	50 %	125972529
117	NC_009012	CGGA	2	8	5945	5952	25 %	0 %	50 %	25 %	125972529
118	NC_009012	ATA	2	6	5989	5994	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	125972529
119	NC_009012	ATG	2	6	6059	6064	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	125972529
120	NC_009012	ATA	2	6	6085	6090	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	125972529
121	NC_009012	TAA	2	6	6107	6112	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	125972529
122	NC_009012	GAA	2	6	6137	6142	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	125972529
123	NC_009012	GAAA	2	8	6147	6154	75 %	0 %	25 %	0 %	125972529
124	NC_009012	GAA	2	6	6190	6195	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	125972529
125	NC_009012	AT	3	6	6208	6213	50 %	50 %	0 %	0 %	125972529
126	NC_009012	TTG	2	6	6236	6241	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	125972529
127	NC_009012	AGA	2	6	6242	6247	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	125972529
128	NC_009012	CAG	2	6	6259	6264	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	125972529
129	NC_009012	AT	3	6	6277	6282	50 %	50 %	0 %	0 %	125972529
130	NC_009012	ACA	2	6	6284	6289	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	125972529
131	NC_009012	GTA	2	6	6322	6327	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	125972529
132	NC_009012	CAGGA	2	10	6357	6366	40 %	0 %	40 %	20 %	125972529
133	NC_009012	ATA	2	6	6385	6390	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	125972529
134	NC_009012	GA	3	6	6490	6495	50 %	0 %	50 %	0 %	125972529
135	NC_009012	GAT	2	6	6706	6711	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	125972529
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272	NC_009012	GA	3	6	13013	13018	50 %	0 %	50 %	0 %	125972534
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392	NC_009012	A	6	6	18057	18062	100 %	0 %	0 %	0 %	125972534
393	NC_009012	TTA	2	6	18071	18076	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	125972534
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